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· Apr 20 6m read

Guia de configuração do ambiente FHIR

#Docker #FHIR #Git #Python #VSCode #Video #InterSystems IRIS for Health

Sei que pessoas completamente novas no VS Code, Git, Docker, FHIR e outras ferramentas podem, às vezes, ter dificuldades com a configuração do ambiente. Por isso, decidi escrever um artigo que percorre todo o processo de configuração passo a passo para facilitar o início.

Eu realmente agradeceria se você pudesse deixar um comentário no final – me diga se as instruções foram claras, se algo ficou faltando ou se há mais alguma coisa que você acharia útil.

A configuração inclui:

✅ VS Code – Editor de código
✅ Git – Sistema de controle de versão
✅ Docker – Executa uma instância do IRIS for Health Community
✅ Extensão REST Client do VS Code – Para executar consultas à API FHIR
✅ Python – Para escrever scripts baseados em FHIR
✅ Jupyter Notebooks –Para tarefas de IA e FHIR

Antes de começar: Certifique-se de ter privilégios de administrador no seu sistema.

Além de ler o guia, você também pode seguir os passos nos vídeos:

Para Windows

Para macOS

Há uma enquete no final do artigo, por favor, compartilhe seu progresso. Seu feedback é muito apreciado.

Então, vamos começar!

1. Instalar o Visual Studio Code (VS Code)

O VS Code será o editor principal para o desenvolvimento.

Windows & macOS

  1. Acesse a página de download do VS Code: https://code.visualstudio.com/
  2. Baixe o instalador para o seu sistema operacional:
    • Windows: arquivo .exe 
    • macOS:  arquivo .dmg 
  3. Execute o instalador e siga as instruções.
  4. (Apenas Windows): Durante a instalação, marque a caixa para "Adicionar ao PATH".
  5. Verificar a instalação:
  • Abra um terminal (Prompt de Comando, PowerShell ou Terminal do macOS)
  • Execute:
code --version
  • Você deverá ver o número da versão.

2. Instalar o Git

O Git é necessário para controle de versão, clonagem e gerenciamento de repositórios de código.

Windows

  1. Baixe a versão mais recente em: https://git-scm.com/downloads
  2. Execute o instalador:
    • Escolha "Use Git from the Windows Command Prompt".
    • Mantenha as configurações padrão e finalize a instalação.
  3. Verifique a instalação:
git --version

macOS

  1. Abra o terminal e execute:
git --version

Se o Git não estiver instalado, o macOS solicitará que você instale as Ferramentas de Linha de Comando. Siga as instruções.

3. Instalar o Docker

O Docker é necessário para executar o InterSystems IRIS for Health Community.

Windows

1.    Baixe o Docker Desktop em: https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    Execute o instalador e siga a configuração.
3.    Reinicie seu computador após a instalação.
4.    Habilite o Backend WSL 2 (se solicitado).
5.    Verifique a instalação.

Observação importante: A instalação do Docker requer privilégios de administrador na sua máquina e pelo menos uma reinicialização.

macOS

1.    Baixe o Docker Desktop para Mac em: https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    Instale-o arrastando o aplicativo Docker para a pasta Aplicativos.
3.    Abra o Docker no menu Aplicativos.

Para garantir que o motor do Docker Desktop esteja rodando no Windows ou macOS, siga estes passos:

Inicie o Docker Desktop

Windows: Abra o Docker Desktop no menu Iniciar. O ícone da baleia do Docker deve aparecer na sua bandeja do sistema.

Mac: Inicie o Docker Desktop na pasta Aplicativos. Você verá o ícone da baleia do Docker na barra de menus assim que estiver em execução.

Aguarde a Inicialização

Assim que você iniciar o Docker Desktop, o motor pode levar alguns instantes para começar. Procure por uma mensagem de status indicando que o Docker está "em execução" ou "iniciado".

Verifique via Terminal/Prompt de Comando::

Abra um terminal (ou Prompt de Comando/PowerShell no Windows) e execute:

docker --version

ou

docker info

Solução de problemas

Se o motor não estiver rodando, tente reiniciar o Docker Desktop ou verifique se há mensagens de erro na interface do Docker Desktop. Além disso, certifique-se de que seu sistema atende aos requisitos do Docker Desktop. Você pode ver mensagens de erro confusas que referenciam pipes se tentar construir uma imagem Docker sem o Docker Desktop em execução.

4. Construindo a imagem do IRIS for Health e executando-a usando o Docker

Antes de podermos iniciar um contêiner Docker executando o IRIS for Health Community (que inclui nosso servidor FHIR), devemos construí-lo.

  1. Clone o repositório FHIR para um diretório conveniente no seu sistema de arquivos. Abra um terminal no VS Code e clone este repositório com o seguinte comando: 
    git clone https://github.com/pjamiesointersystems/Dockerfhir.git
     
  2. Navegue até esse diretório e abra a pasta no VS Code. Siga as instruções no arquivo readme para construir e executar o contêiner. Uma etapa crucial é garantir que o repositório base esteja disponível no seu Docker. Você pode fazer isso através do comando no terminal do VS Code: 
    docker pull containers.intersystems.com/intersystems/irishealth-community:latest-em
    Você deverá ver uma confirmação após alguns minutos.
  3. Navegue até o diretório no VS Code onde você vê o arquivo docker-compose.yaml e então execute o comando: 
    docker-compose build
    Isso iniciará o processo de construção, que pode levar até 10 minutos, durante os quais um repositório FHIR completo é construído e carregado com pacientes de amostra.
  4. Após a conclusão do processo de construção, inicie o contêiner com o comando: 
    docker-compose up -d
    seguido por 
    docker ps
    Você deverá ver um contêiner chamado iris-fhir em execução. Se o contêiner não iniciar, verifique os logs: 
    docker logs iris-fhir
     

5. Instalar a Extensão REST Client do VS Code

Esta extensão permite que você envie requisições à API FHIR diretamente do VS Code.

  1. Abra o VS Code
  2. Vá para Extensões (Ctrl + Shift + X ou Cmd + Shift + X no macOS).
  3. Procure por "REST Client". Existem diversos REST Clients, por favor, instale este:
  4. Clique em Install.

6. Instalar o Python

O Python é necessário para tarefas de programação relacionadas ao FHIR.

Windows

1.    Baixe o Python em: https://www.python.org/downloads/
2.    Execute o instalador e marque a caixa para "Add Python to PATH". Você precisará de credenciais de administrador para fazer modificações no Path.
3.    Conclua a instalação.
4.    Verifique a instalação:

python --version

macOS

  1. Abra o Terminal e instale o Python via Homebrew: 
    Brew install python
    Se você não tiver o Homebrew, instale-o primeiro 
    /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
     
  2. Verifique a instalação:
python3 --version

7. Instalar o Jupyter Notebooks

Os Jupyter Notebooks são usados para tarefas de IA e FHIR, e tarefas de FHIR SQL.

Windows & macOS

  1. Abra um terminal (Prompt de Comando, PowerShell ou Terminal do macOS).
  2. Instale o Jupyter usando o pip: 
    pip install jupyter
jupyter --version
     
  3. Execute o Jupyter Notebook:
jupyter notebook

Isso abrirá o Jupyter no seu navegador da web.

8.  Validação

Execute seu contêiner navegando até o seu arquivo docker-compose no shell. Execute o comando:

docker compose up -d
docker ps

Acesse o Portal de Gerenciamento do IRIS:

Usuário: _SYSTEM
Senha: ISCDEMO

Acesse a API FHIR:

Verificações Finais

Execute estes comandos para verificar todas as instalações:

code --version       # VS Code
git --version        # Git
docker --version     # Docker
python --version     # Python
jupyter --version    # Jupyter

Se tudo funcionar, você instalou com sucesso todos os softwares acima.

Solução de problemas

Problema Solução
"Command not found" para alguma ferramenta Certifique-se de que ela foi adicionada ao PATH (reinstale se necessário).
Docker não está rodando no Windows Reinicie o Docker Desktop e certifique-se de que o backend WSL 2 está habilitado.
Contêiner IRIS falha ao iniciar Execute docker logs iris-fhir para verificar os erros.
Não consigo acessar a API FHIR Certifique-se de que o contêiner está rodando (docker ps).

Obrigado pelo seu tempo. Aguardo ansiosamente a leitura dos seus comentários!

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Question
· Apr 19

Error in iris-rag-demo

#Docker #Python #InterSystems IRIS for Health #InterSystems IRIS #Open Exchange

I cloned iris-rag-demo from Open Exchange and issued docker-compose up -d. I went to the front end and type in the chat message:

Who was the 46th President of United States of America?

I got a run time error:

RuntimeError: ERROR <Ens>ErrBPTerminated: Terminating BP ChatProcess # due to error: ERROR #5002: ObjectScript error: <PYTHON EXCEPTION> *<class 'RuntimeError'>: <PYTHON EXCEPTION> <class 'ValueError' > ERROR #5002: ObjectScript error: <PYTHON EXCEPTION> *<class 'RuntimeError'

Traceback:

 

File "/irisdev/app/src/python/rag/app.py", line 28, in process_input agent_text = _service.ask(user_text, rag_enabled) ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

File "/irisdev/app/src/python/rag/bs.py", line 21, in ask response = self.send_request_sync(self.target, msg) ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

File "/home/irisowner/.local/lib/python3.12/site-packages/grongier/pex/_business_host.py", line 42, in dispatch_serializer return fonction(self,*serialized, **param2) ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

File "/home/irisowner/.local/lib/python3.12/site-packages/grongier/pex/_business_host.py", line 55, in dispatch_deserializer return self._dispatch_deserializer(fonction(self,*params, **param2)) ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

File "/home/irisowner/.local/lib/python3.12/site-packages/grongier/pex/_business_host.py", line 109, in send_request_sync return self.iris_handle.dispatchSendRequestSync(target,request,timeout,description) ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

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Question
· Apr 19

SourceControl errors

#Git #Management Portal #ObjectScript #Studio #InterSystems IRIS

After upgrading from 2024 to 2025 Im not able to compile any class.

I was using ZPM and git-source-control.

Now Im getting 

 

Compilation started on 04/19/2025 20:53:00 with qualifiers 'cuk /checkuptodate=expandedonly'

ERROR #5002: ObjectScript error: <CLASS DOES NOT EXIST>OnAfterSave+4^SourceControl.Git.Extension.1 *SourceControl.Git.Utils
Detected 1 errors during compilation in 0.209s. class '%Studio.SourceControl.Interface', method 'OnBeforeTimestamp': <CLASS DOES NOT EXIST> 150 

I disabled SourceControl in Management portal and nothing happen.

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Question
· Apr 19

Problem with ollama container in langchain-iris-tool

#Docker #InterSystems IRIS for Health #Open Exchange

I cloned @Yuri.Marx's langchain-iris-tool repo and modified docker-compose yaml per this post:

https://community.intersystems.com/post/error-when-trying-langchain-iris...

Now I see this:

docker ps -a
CONTAINER ID   IMAGE                      COMMAND                  CREATED         STATUS                          PORTS                                                                                                                                                                      NAMES
c585beb367e6   ollama/ollama:latest       "/usr/bin/bash /mode…"   6 minutes ago   Restarting (1) 55 seconds ago                                                                                                                                                                              ollama
c59535140780   langchain-iris-tool-iris   "/tini -- /docker-en…"   6 minutes ago   Up 6 minutes (healthy)          2188/tcp, 8501/tcp, 54773/tcp, 0.0.0.0:51972->1972/tcp, :::51972->1972/tcp, 0.0.0.0:53795->52773/tcp, :::53795->52773/tcp, 0.0.0.0:32770->53773/tcp, :::32770->53773/tcp   langchain-iris-tool-iris-1
e898e27c7275   yourstreamlitapp:latest    "streamlit run /usr/…"   6 minutes ago   Up 6 minutes                    0.0.0.0:8501->8501/tcp, :::8501->8501/tcp                                                                                                                                  langchain-iris-tool-streamlit-1

 

ollama is Restarting. Why?

I get this error when I try Iris Classes Chat:

ValueError: Error raised by inference endpoint: HTTPConnectionPool(host='ollama', port=11434): Max retries exceeded with url: /api/embeddings (Caused by NameResolutionError("<urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7f4d75c88d90>: Failed to resolve 'ollama' ([Errno -5] No address associated with hostname)"))

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· Apr 19

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#Access control #Caché #Global Masters

 

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