Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre.